En el año 2006, con el Decreto Núm.083-DDRH del 5 de abril de 2006, se creó la Dirección Nacional de Denuncia Ciudadana y se eliminó de la Estructura Orgánica y Funcional de la Contraloría General de la República, la Dirección Nacional de Investigaciones Especiales.

Luego, con el Decreto No.39-2018-DNMySC del 5 de julio de 2018, se actualizó la estructura orgánica de la Dirección, modificando el nombre a “Dirección Nacional de Denuncia y Participación Ciudadana”. Esta participación ciudadana se realizaba mediante denuncias que interponen los ciudadanos sobre supuestos usos indebidos de fondos y bienes públicos y programas de formación dirigidos a los ciudadanos. 

Actualmente, con la Resolución No.597-2022-DNMySC del 6 de junio de 2022, se actualiza la estructura orgánica de la Dirección Nacional de Denuncia y Participación Ciudadana de la Contraloría General de la República y modifica el nombre a “Dirección Nacional de Participación Ciudadana”.

Se han implementado otros mecanismos de participación ciudadana como lo son: Portal Web de Participación Ciudadana, Medios Digitales, Programas de Formación, Centro de Llamadas. Esto con el fin de incluir al ciudadano en la vigilancia de los fondos y bienes públicos.